[求救] hsp 70 promoter 序列問題
小弟 最近在p老鼠的hsp70 promoter
在這篇paper :http://0rz.tw/f54V1 看到
他是用NCBI上查到的Mouse heat shock inducible (hsp70A1) gene, complete cds.
（http://0rz.tw/244IE ）
上面的1~20 和 1043~1032去當hsp promoter的 primer
可是都p出很多雜band 讓我開始懷疑promoter sequence的正確性
因為 這個hsp promoter (http://0rz.tw/244IE 1~1043) 的序列
為何和 genome sequence: http://0rz.tw/134Us http://0rz.tw/634Vc
上面 查到的genome sequence 上游的promoter 序列不同呢？
兩者的不同在於 兩者的序列只有前500bp是比較類似的
所以想請教各位高手 我到底要拿NCBI上面complete cds的序列去設計primer
還是要用 genome database 上面的序列去設計primer???
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有沒有可能是template 不同的關係 所以我才p不出來？
http://0rz.tw/f54V1 paper上所使用的template 是3T3 L1的 cell line
而我所使用的是 NIH3T3的 cell line
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