[求救] ChIP另外個用途?

看板Biotech作者 (大眼埃及貓)時間15年前 (2008/10/09 22:00), 編輯推噓3(3推 0噓 12→)
留言15則, 3人參與, 5年前最新討論串1/1
以前上課是學到可看特定蛋白bind在DNA的哪個位置 在看文獻中 例如 A sumoylation-dependent pathway mediating transrepression of inflammatory response genes by PPARγNature. 2005 September 29; 437(7059): 759–763 發現還可以用ChIP來看某個蛋白是否在transcription complex裡 可是我和同學們都沒做過 不知道是在哪一步把蛋白來做WESTERN BLOT 還有input是positive control 看到western 的圖也有load input 不知道是用甚麼抗體來認 還有請問像這種方法可以半定量嗎 譬如說在A條件下 這蛋白被Recruit到transcription factor complex的多少 和B條件下 可以做比較嗎 用甚麼當internal standard呢 麻煩有做過的板友回答一下 多謝 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 59.117.211.94 ※ 編輯: higamanami 來自: 59.117.211.94 (10/09 22:01) ※ 編輯: higamanami 來自: 59.117.211.94 (10/09 22:12)
→
10/10 19:53, , 1F
好像把cross linking reverse時用加熱不用preteinase K
10/10 19:53, 1F
→
10/10 19:54, , 2F
但不知道怎麼分離chromatin 和 上面的蛋白?
10/10 19:54, 2F
推
10/10 20:38, , 3F
你把每個CHIP看到的band當作是PCR產物去解讀實驗才是對的
10/10 20:38, 3F
→
10/10 20:43, , 4F
input是指CHIP前lysate的DNA量,而沒band代表該蛋白不在序列
10/10 20:43, 4F
→
10/10 21:09, , 5F
可是......好像不是這樣 文章都說ChIP來看這蛋白
10/10 21:09, 5F
→
10/10 21:10, , 6F
有沒有被Recruit到基因的promoter上
10/10 21:10, 6F
推
10/10 21:56, , 7F
那band是CHIP後的PCR產物,不同意以上觀點的話當然就看不懂
10/10 21:56, 7F
→
10/10 22:06, , 8F
這篇有關ChIP的圖都有Anti-IgG anti-HA 是甚麼呢
10/10 22:06, 8F
→
10/10 22:07, , 9F
是看蛋白的樣子 也不是看DNA的位置
10/10 22:07, 9F
推
10/10 22:19, , 10F
不用anti-xxx怎麼做CHIP呢? 你怎麼不說每個lane都放了數種
10/10 22:19, 10F
→
10/10 22:23, , 11F
IgG抗體? 以上也夠了,這種事情不需要陷入是WB或PCR的討論
10/10 22:23, 11F
→
10/10 22:44, , 12F
可能是我搞錯了 是用不同的抗體 來看promoter occpancy
10/10 22:44, 12F
→
10/10 22:45, , 13F
不好意思 以前沒學過可以用來看這個
10/10 22:45, 13F
→
11/11 01:03, , 14F
但不知道怎麼分離chr https://noxiv.com
11/11 01:03, 14F
→
01/03 16:46, 5年前 , 15F
這篇有關ChIP的圖都 https://muxiv.com
01/03 16:46, 15F
‣ 更多 higamanami 的文章
文章代碼(AID): #18xWw8MS (Biotech)