[求救] GuHCl/Urea的denaturation的相關問題
strong choatropic agents（要怎麼翻譯阿？）常見的包括了urea、guanidine HCl等
通常搭配一些reducing agent（如:2-ME、DTT）可以有效的進行protein denaturation
因此想來問問有接觸過urea或guanidine HCl的版友 一些相關問題
實驗材料為Halobacterium 為高鹽古細菌 原核但不具有細菌的細胞壁
1.我只單純想要進行denaturation 而不進行renaturation或degradation
目的是希望能夠去除DNA上的binding proteins
之後將會通過anion exchange chromatographic column
目前是使用QIAGEN genomic-tip的column和protocol
QIAGEN Genomic DNA Handbook (protocol下載)
http://www1.qiagen.com/literature/handbooks/literature.aspx?id=1000216
其中使用大約0.8M的guanidine HCl(GuHCl)進行deproteinizing（50度 一小時）
之後再通它的genomic-tip column（anion exchanger）
但是目前發現deproteinizing效果不好 抽出的DNA還是有protein殘留
參考各書籍大多用6M GuHCl進行denaturation
而且QIAGEN protocol中的deproteinizing buffer不含有reducing agent
由於實驗需要 必須不degrade proteins的情況下 抽出不含proteins的DNA
並且不用phenol/chloroform的方法
所以目前打算使用高濃度的choatropic agent和reducing agent進行去除蛋白質
原本打算用6M GuHCl+ 1mM DTT進行deproteinizing
但是看一些網站討論說GuHCl因為會解離成陰陽離子而干擾離子交換進行
所以不知道是否有網友曾用過6~8M Urea進行protein denaturation，
並進行接下來的離子交換呢？有沒有什麼心得和經驗可以分享的？
2.由於我實驗的sample有用formaldehyde進行DNA-protein cross-linking實驗 (ChIP)
不知道實驗使用這些strong chaotropic agents (urea、GuHCl)
是否會與cross-linking (covalent bridges)進行反應而導致reverse？
即使是極為微小的資訊對我來說都是莫大的幫助 如果您願意提出意見 我將感激不盡
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推
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