[求救] 請問除了NCBI外,還有那些gene bank?

看板Biotech作者 (＄７５)時間18年前 (2008/02/02 02:24), 編輯推噓6(6推 0噓 6→)
留言12則, 6人參與, 最新討論串1/1
因為手上有一對primer 想知道對應的accession number 但是忘了是哪篇paper出來了 >"< 用blastn也對不出來我們想要看的物種 已確定這對primer在我們實驗物種細胞裡 是可以夾出東西的 primer序列也沒有錯誤 所以想用其他gene bank來搜尋 找點一線希望 @_@" 我印象中日本跟德國好像也有一個gene bank 但是忘了是什麼名字 想請各位幫助我回憶一下 感謝大家 實驗必定順利順利 ^^ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 218.167.13.49
推
02/02 06:30, , 1F
你blastn parameters怎麼設?問題應該出在你alignment上
02/02 06:30, 1F
→
02/02 06:31, , 2F
另外現在database很多 www.genecards.org 整合很多資訊
02/02 06:31, 2F
推
02/02 19:58, , 3F
日本的？你說KEGG嗎？ 還有一個Swiss-Prot(UK)
02/02 19:58, 3F
推
02/02 20:25, , 4F
日本有DDBJ 歐洲是EMBL 不過資料是互通的 差別不大
02/02 20:25, 4F
推
02/04 10:28, , 5F
三者資料互通,所以你用NCBI找不到,到其他兩個找也一樣
02/04 10:28, 5F
→
02/04 10:29, , 6F
另外三樓,KEGG不是專門用來存序列的,資料不會比NCBI多
02/04 10:29, 6F
→
02/04 10:30, , 7F
,而Swiss-Prot是專門存protein序列,和原po的要求不符,
02/04 10:30, 7F
→
02/04 10:31, , 8F
且Swiss-Prot就已經告訴你是在Swiss了,不是在UK
02/04 10:31, 8F
→
02/04 10:32, , 9F
最後,一樓的問題才是關鍵,因為primer太短,參數設不好
02/04 10:32, 9F
→
02/04 10:33, , 10F
的話就得不到alignment,不一定是資料庫的問題
02/04 10:33, 10F
推
02/04 15:40, , 11F
02/04 15:40, 11F
推
02/04 16:38, , 12F
nightcatman正解。三者資料庫互通
02/04 16:38, 12F
‣ 更多 shonshonGie 的文章
文章代碼(AID): #17esFEJG (Biotech)