[問題]想請問DNA triplex formation的條件
請教各位高手
我最近在做雙股DAN和一股oligonucleotide形成triplex DNA的實驗
結果是要用EMSA的方式觀察
如果成功的話
結果是triplex因為分子結構變大所以band會高於雙股DAN的band
但是做了很多次 都沒有做出triplex的結果出來 只看見雙股的band
我有去查過一些文獻的做法
目前已知要形成triplex必須在高Mg2+的離子濃度下 也不可以有K+的存在下
而我目前的的作法是
加入binding buffer和PCR合好的雙股和oligonucleotide去反應24hr或48hr在室溫
而binding buffer的成分是90mM tris-HCl,90mM boric acid, 10mM MgCl2,ph=7.4
由於我的oligonucleotide是purine組成的15mer(A,G rich)
所以paper有說ph值要在7.4的環境下
但是我這些都有做了 還是做不出結果出來
所以想請問有做過類似實驗的高手們
在做雙股DAN和一股oligonucleotide形成triplex DNA時binding是否還有需要注意的地方
例如是否要加熱加速他們反應或是其他的詳細條件
排版很亂 很抱歉 希望耐心的看完它
先在這說聲謝謝了
感恩 <(_ _)>
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