[問題] 關於OTU(operational taxonomic unit)

看板Biology作者 (Cruise0819)時間12年前 (2012/04/20 02:16), 編輯推噓4(404)
留言8則, 2人參與, 最新討論串1/1
【問題】: Operational taxonomic unit(OTU) and 分析軟體:Qiime 【問題起因】: Paper 看到的疑問 是要分析細菌的親緣關係 所使用的東西 查到的中文名字是"運算分類單位" 而且他分析的軟體"Qiime" 也真的不知道在做什麼. 不知道有沒有微生物專家來幫忙解答~~ 【個人看法】: 完全不是這個領域的,讀paper讀到卡住 所以很想從高手中獲得一些訊息 【參考資料/連結】: 目前正在讀的paper: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22297845 恐怖的點狀FIG3 Qiime的paper:http://tinyurl.com/7vfoh7l Qiime的網站: http://qiime.org/tutorials/retraining_rdp.html 希望有大大能幫忙 感謝!! -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 114.36.96.18

04/20 04:37, , 1F
Qiime看起來那也只是個運算平台, 應該還是用phylogenetic
04/20 04:37, 1F

04/20 04:46, , 2F
analysis
04/20 04:46, 2F

04/20 20:31, , 3F
恩恩, 只是比較疑惑的是他橫軸縱軸怎麼拉出來的
04/20 20:31, 3F

04/20 21:23, , 4F
PC1 PC2
04/20 21:23, 4F

04/21 02:59, , 5F
應該是principle component analysis
04/21 02:59, 5F

04/21 16:41, , 6F
所以應該是自己主觀調整的結果 造成客觀的分析結果
04/21 16:41, 6F

04/22 03:32, , 7F
不是很懂你說的, PCA這分析法很常見, 值得花時間學清楚
04/22 03:32, 7F

04/29 15:41, , 8F
謝謝ling大!
04/29 15:41, 8F
文章代碼(AID): #1Fa5Pf43 (Biology)